Tras la catástrofe provocada por el dolor de Akira, Tokio se encuentra en un estado post apocalíptico. Un grupo misterioso de soldados se infiltra en la ciudad con un objetivo desconocido y se enteran de que Tetsuo se alió con Akira y fundaron el Gran Imperio de Tokio. Del otro lado de la ciudad se encuentra Miyako y ambos poderes han reunido una amplia base de fieles. En medio de todo, Kay y Chiyoko tratan de mantener estables a No. 27 y No. 25, quien le pide a Kay que encuentre a “No. 19”. Tras cumplir con la misión, el Imperio descubre que los niños también son importantes y comienza una carrera por obtenerlos. Mientras tanto, Tetsuo comienza a tener dudas, se entera de los secretos tras el Proyecto que creó a Akira y comienza a tomar cartas en el asunto, pero el Coronel está desesperado por terminar con la amenaza.

Tras la batalla aparecen nuevos jugadores: en la hay un portaaviones alojando a seis investigadores poco ortodoxos que estudian a Akira en un intento por comprender su poder. Kaneda se reúne con Kaisuke y con Joker, el exlíder de la pandilla de los Payasos para tratar de crear un frente común y vengarse de Tetsuo, quien ha dejado las drogas y con ello ha hecho crecer exponencialmente su poder, pero por la misma razón le cuesta cada vez más trabajo controlarlo. Lo que no sabe es que Miyako, Masaru y Kiyoko estaban esperando ese momento para dirigir toda su fuerza contra Akira y acabar con él de una vez por todas. En medio de todo, el espía infiltrado pone en marcha el plan de su gobierno para asesinar a Akira y Kaneda pretende matar a Tetsuo antes de que Miyako y los demás puedan usar a Kay como catalizador para atacar a Akira.