El día que Taiju Oki, un alumno de bachillerato grande y fuerte pero algo cazurro, decide declararle su amor a Yuzuriha, sucede un fenómeno inesperado: toda la humanidad se convierte en piedra en un abrir y cerrar de ojos. Miles de años más tarde, Taiju vuelve a la normalidad y se entera de que su amigo Senkû, un científico de mente ilustre, también ha sobrevivido. Juntos encuentran una fórmula para volver a la vida a las estatuas que siguen intactas y se ponen como objetivo construir una civilización desde cero.

A pesar de las dificultades y gracias al liderazgo de Senku y Ryusui, ¡el reino de la ciencia logra construir un velero motorizado! Senkuy unos pocos elegidos se embarcan en una aventura para descubrir el misterio de la petrificación y salvar a toda la humanidad. Su primer destino es una isla del tesoro que esconde un objeto clave para esa gran misión. En cuanto llegan, descubren que el patriarca, la máxima autoridad de la isla, tiene el poder de convertir a la gente en piedra.

Senku empieza a revivir a cada uno a sus compañeros del reino de la ciencia y juntos preparan una estrategia para robar Medusa, el arma petrificadora. Después de reunir todo el material científico necesario para su plan, se dirigen al campo de batalla. Ahí se cambian los planes y Senku se ve obligado a liberar a Hyoga para que los ayude. Mientras tanto, Ibara decide que va a cubrir toda la isla con el rayo petrificador.